Al igual que en las ediciones originales, Bruno (Brendan) y Aura (May) son los protagonistas de estos remakes. Junto a ellos también hace acto de aparición Máximo Peñas (Steven Stone), hijo del presidente de Devon S.A. y campeón de Hoenn, que en esta ocasión contará con un Mega-Metagross en su equipo y recorrerá Hoenn tratando de desvelar los misterios que hay tras el fenómeno de la megaevolución y los Pokémon legendarios. Los tres tienen la capacidad de megaevolucionar a sus Pokémon: Bruno y Aura gracias a la Piedra Activadora que tienen en su Megapulsera y Máximo gracias a la de su Megabroche.
 
El Equipo Magma está liderado por Magno y sus administradores Tatiano y Carola , mientras que el Equipo Agua está liderado por Aquiles y sus administradores Tolo y Silvina .
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Las bases secretas de la tercera generación vuelven a Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa bajo el nombre de Superbases Secretas. La forma en la que podremos construir nuestra propia base no ha cambiado en absoluto, pues bastará con utilizar el movimiento Daño Secreto (Secret Power) en algún lugar secreto de la región de Hoenn como árboles o paredes. Además de las funciones decorativas de las Bases Secretas originales, en los remakes podremos capturar banderas, librar combates con Amigos Secretos e incluso crear nuestro propio Gimnasio Pokémon.
   Decoración de nuestra base De igual forma que en las versiones originales, podremos conseguir muchos objetos decorativos a lo largo de nuestra aventura para crear una base secreta personalizada a nuestro gusto. La personalización es muy amplia, permitiéndonos colocar objetos que sirvan para gastar bromas o incluso dejándonos elegir las reglas que regirán los combates dentro de nuestra base para así convertirla en nuestro propio Gimnasio Pokémon.   Comparte tu base con todo el mundo A diferencia de las ediciones originales y gracias a la inclusión de las funcionalidades online, ahora mucha gente podrá visitar tu base, incluyendo gente que no tengas agregada a la lista de amigos de Nintendo 3DS creando un código QR o utilizando StreetPass. Al visitar la base de otro jugador podrás ver a los miembros de su grupo e interactuar con ellos ya sea hablando o combatiendo. Si el dueño de esa base te cae especialmente bien, podrás convertirlo en tu Amigo Secreto y llevarlo a tu base.   Amigos Secretos Una vez que un jugador sea tu Amigo Secreto, podréis realizar combates, ayudaros mutuamente utilizando técnicas especiales e incluso formar un equipo y ponerle un nombre que refleje la personalidad de tu grupo de amigos. Cada uno de tus amigos puede utilizar una técnica especial diferente para ayudarte, entre las que se encuentran las siguientes:
    Captura la bandera Otro nuevo aspecto de las Superbases Secretas es la captura de banderas que ya pudimos probar en Pokémon Diamante y Pokémon Perla. Junto al PC Secreto de la base de otros jugadores veremos banderas que podremos recoger para llevar a nuestra base con la finalidad de aumentar el rango de nuestro equipo y así potenciar las habilidades de nuestros Amigos Secretos. Las banderas serán de diferentes colores en función del rango del equipo de cada persona, y podremos recoger una bandera diaria de cada base que visitemos. Cuantas más banderas y amigos secretos tengamos, más habilidades especiales podremos utilizar.        Al inscribirte en un concurso deberás elegir entre las cinco categorías disponibles: Carisma , Belleza , Dulzura , Ingenio y Dureza . Cada uno de tus Pokémon destacará en alguna de las diferentes cualidades, por lo que deberás seleccionar la que más se adapte a él, puesto que su atractivo se medirá en función del criterio seleccionado. A su vez, cada categoría se divide en varios niveles que podrás ir desbloqueando a medida que superes los anteriores y así llegar a la cima: Nivel Normal, Nivel Alto, Nivel Avanzado y Nivel Maestro.       Valoración de la Exhibición Cada uno de los movimientos de tu Pokémon estará asociado a una de las cinco cualidades de los concursos como si de tipos se tratasen, por lo que deberás seleccionar movimientos que se correspondan con la categoría del concurso en el que estás participando para así lucir tu atractivo y conseguir la admiración del público. Al terminar los cinco turnos, se anunciarán los resultados del Gran Concurso.  
 
 
 
 
    Una vez hayamos participado en nuestro primer concurso, nos entregarán a Pikachu Coqueta en el Auditorio, a la que se le puede cambiar el atuendo en cualquier momento desde el camerino de cualquier Auditorio para Concursos. Pikachu Coqueta es una estrella tremendamente popular en los Grandes Concursos Pokémon de Hoenn, adora la moda, tiene una distintiva marca con forma de corazón en su cola y gracias a los vestidos es capaz de triunfar en cualquier categoría del concurso. Es importante resaltar que ningún otro Pikachu que captures o recibas podrá ponerse estos atuendos tan especiales.   Otra información sobre los Grandes Concursos Lo mostrado anteriormente no es todo lo que puedes hacer en los Grandes Concursos Pokémon, sino que hay muchas más cosas con las que poder divertirte, como jugar con tu familia o tus amigos usando las funciones de comunicación de 3DS. Además de esto también será posible sacar fotos a nuestro Pokémon cuando aparezca el icono de la cámara en nuestra pantalla, para lo que hay que hablar con el Guitarrista que hay cerca de la recepción para que lo ponga todo a punto. ¡Incluso podemos aparecer en la foto junto a nuestro Pokémon utilizando la cámara de Nintendo 3DS!     
Pikachu Coqueta
Al igual que en las versiones originales se incluyen los concursos Pokémon en Rubí Omega y Zafiro Alfa siguiendo la misma mecánica con algunas mejoras e incorporaciones como la de Pikachu Coqueta. Una vez hayamos participado en nuestro primer concurso, nos entregarán a Pikachu Coqueta en el Auditorio, a la que se le puede cambiar el atuendo en cualquier momento desde el camerino de cualquier Auditorio para Concursos. Pikachu Coqueta es una estrella tremendamente popular en los Grandes Concursos Pokémon de Hoenn, adora la moda, tiene una distintiva marca con forma de corazón en su cola y gracias a los vestidos es capaz de triunfar en cualquier categoría del concurso. Es importante resaltar que ningún otro Pikachu que captures o recibas podrá ponerse estos atuendos tan especiales.
 
 
 
 
  
 
 
Cuando Sceptile megaevoluciona, adquiere el tipo Planta/Dragón y sus ataques se vuelven mucho más poderosos. Además, posee la habilidad Pararrayos, que le permite absorber el daño recibido por movimientos de tipo Eléctrico y así aumentar su propio Ataque Especial, lo que le proporciona una gran ventaja en Combates Dobles. Su altura y su peso aumentan a 1,9 m y a 55,2 kg, respectivamente.
 
¡Mega-Sceptile es capaz de cortarse un trozo de su cola, que es ahora mucho más grande, y dispararla contra su oponente como si de un autentico misil se tratara, cuando usa el movimiento Lluevehojas!
 
Su cola se regenerará sin problemas mientras cuente con la energía que le otorga la megaevolución.
Cuando Swampert megaevoluciona, la fuerza de la que dispone para moverse tanto en tierra como en el agua es aún mayor. Este Pokémon conserva su tipo Agua/Tierra, y adquiere la habilidad Nado Rápido, con la que, a pesar de tener un considerable tamaño, su Velocidad se verá duplicada cuando llueva y, a esto debemos sumarle su mayor Ataque. Su altura y su peso aumentan a 1,9m y a 102,0kg.
 
¡Su musculatura se ha desarrollado mucho y esto lo hace parecer más duro de pelar que nunca!
 
Cuando Mega-Swampert usa Machada, causa mucho daño a su objetivo con su duro y pesado puño. Dicho movimiento rebosa gran poder destructivo, ya que, atiza con sus potentes brazos.
Cuando Diancie megaevoluciona, tanto su habilidad como sus características cambian. Con la habilidad Espejo Mágico, los efectos negativos en las características o los cambios de estado provocados por movimientos de estado se devolverán a quien intente infligirlos.
 
Además, su Velocidad aumenta muchísimo, y su Ataque y Ataque Especial se incrementan en gran medida, sin embargo, tanto su Defensa como su Defensa Especial disminuyen.
Observa los movimientos recomendados para que Mega-Diancie aproveche su Ataque y Ataque Especial, ambos extremadamente elevados, y su capacidad de lanzar ataques vertiginosos. Este Pokémon, agraciado tanto con belleza como con destreza, puede adaptarse rápidamente a cualquier situación.
 
¡Para sacar el mayor provecho del elevado Ataque de Mega-Diancie, utiliza Tormenta de Diamantes!
 
Aprovecha el elevado Ataque Especial de Mega-Diancie con Fuerza Lunar.
Cuando Sableye megaevoluciona, su Defensa y su Ataque Especial aumentan, aunque su Velocidad disminuye un poco, debido al peso de su enorme joya. Conserva sus tipos y obtiene la habilidad Espejo Mágico, que devuelve al agresor los efectos producidos por movimientos de estado, ya sean cambios de estado o cambios en las características. Su altura y su peso aumentan a 0,5m y a 161,0kg.
 
Sableye concentra toda la energía de su megaevolución en la joya roja que tiene en el pecho, la cual aumenta de tamaño y se separa de su cuerpo. ¡Esta joya posee una dureza increíble!
 
Tras megaevolucionar, la habilidad de Metagross cambia a Garra Dura, que aumenta la potencia de los ataques directos. Su Velocidad también aumenta y sus otras características se equilibran.
 
Teniendo en cuenta el incremento de su Ataque, Defensa, Ataque Especial y Defensa Especial, se trata de un Pokémon idóneo para estrategias ofensivas y también defensivas.
Cuando Altaria megaevoluciona, su tipo cambia a Dragón/Hada. Posee la habilidad Piel Feérica, que hace que los movimientos de tipo Normal pasen a ser de tipo Hada. Además, tanto su Ataque como su Ataque Especial aumentan considerablemente y su Defensa también experimenta un incremento.
 
El cuerpo de Mega-Altaria está envuelto en unas plumas únicas que ha desarrollado como medida de protección. Al cantar, su voz es aún más hermosa. Este Pokémon es muy sociable y nada tímido.
 
Mega-Altaria es capaz de usar el potente movimiento Pulso Dragón con gran eficacia.
El salvaje instinto de lucha de Mega-Lopunny, que había permanecido latente durante mucho tiempo, por fin ha despertado. Con un golpe de oreja a toda potencia podría hacer trizas una plancha de acero puro. Su personalidad cambia y se vuelve extremadamente agresivo, lo que deja perplejos a sus entrenadores.
 
Su Ataque aumenta enormemente gracias a la megaevolución, y su Velocidad, también se acentúa.
 
Con la habilidad Intrépido, sus movimientos de tipo Normal y Lucha alcanzarán hasta los Pokémon de tipo Fantasma.
Cuando Salamence megaevoluciona, su Defensa se dispara. Teniendo en cuenta que sus características ya son elevadas de por sí, este Pokémon es ahora más prometedor que nunca. Su habilidad Piel Celeste hace que los movimientos de tipo Normal sean de tipo Volador, aumentado así sus recursos.
 
La energía de la megaevolución de Salamence se concentra en sus alas. Las dos se funden en una sola mucho más grande con forma de media luna. Cuando vuela a gran velocidad, el ala hace las veces de hoja afilada rebanando todo lo que se interponga a su paso.
 
¡Cuando usa Doble Filo, Mega-Salamence es un contrincante que no debe tomarse a la ligera!
Cuando Audino megaevoluciona a Mega-Audino, adquiere el tipo Hada y su habilidad pasa a ser Alma Cura (Healer) si antes no lo era. Su Defensa y Defensa Especial mejoran, lo que lo convierte en un buen miembro de apoyo en Combates Dobles y similares.
 
Con el movimiento Pulso Cura, Mega-Audino puede ayudar a otros Pokémon restaurando sus PS.
Cuando Slowbro megaevolucioan, adquiere la habilidad Caparazón que garantiza que los ataques de sus oponentes nunca le propinarán un golpe crítico. En cuanto a sus características, su ya de por sí elevada Defensa aumenta aún más y su Ataque Especial también se incrementa. 
Cuando Camerupt megaevoluciona, su habilidad pasa a ser Potencia Bruta, que fortalece cualquier movimiento que pueda causar efectos secundarios. Sin embargo, es importante tener en cuenta que tales efectos secundarios no se producirán. Todas sus características aumentan, menos su Velocidad.
 
Las jorobas de su lomo se han convertido en un único volcán. Este Pokémon, que detesta profundamente el agua y la humedad, tiene una personalidad explosiva y malas pulgas. De hecho, si el volcán de su lomo está en constante erupción, no es para otra cosa que para intimidar a sus rivales.
  Mega-Camerupt puede causar un daño considerable con el movimiento Estallido.
Cuando Sharpedo megaevoluciona, todas sus características aumentan, incluso su ya de por sí elevado Ataque. Por si fuera poco, Mega-Sharpedo adquiere la habilidad Mandíbula Fuerte, que potencia los ataques de mordedura. ¡Haz que aprenda movimientos que aprovechen esta habilidad!
 
Los colmillos de Mega-Sharpedo se han transformado y los cuernos que le salen del morro pueden volver a crecer una y otra vez. Las marcas amarillas de su cuerpo son cicatrices causadas durante los combates. Gracias a su propulsión explosiva, puede pasar de 0 a 200 km/h en un instante.
 
Propina ataques contundentes con el movimiento Triturar y la habilidad Mandíbula Fuerte.
Cuando Gallade megaevoluciona, su habilidad pasa a ser Foco Interno, cosa que evita que lo hagan retroceder. Su Ataque y Velocidad mejoran, lo que hacen que este sea un Pokémon adecuado para estrategias en las que quieras asestar el primer golpe.
 
A Gallade le crecen unas placas en los brazos, y sus protuberancias, que se asemejan a un casco y una capa, le aportan cierto aire caballeresco. Cuando la situación lo requiere, Mega-Gallade puede usar su poder psíquico para utilizar, simultáneamente, sus dos brazos a modo de espada.
 
Gracias al incremento en su Velocidad y Ataque, Mega-Gallade puede causar un gran daño con el movimiento A Bocajarro y zanjar el combate rápidamente.
tiene lugar un fenómeno llamado Regresión Primigenia, que permite a los Pokémon legendarios Groudon y Kyogre no solo reclamar su fuerza original proveniente de la energía de la naturaleza, sino también multiplicarla hasta límites insospechados. Al parecer, guarda algún tipo de relación con la megaevolución, pero por el momento, eso se desconoce.
En una famosa leyenda de Hoenn, se habla de Groudon, Kyogre y de la Regresión Primigenia:
“Hace mucho, mucho tiempo, aparecieron en Hoenn dos Pokémon de temible poder, que más adelante serían conocidos como Groudon y Kyogre. Cuando Groudon aulló, la tierra creció y aumentó su extensión. En lo alto, el sol brilló con fuerza y todo cuanto rodeaba a aquella criatura se vio envuelto en un calor incandescente. Cuando Kyogre rugió, brotaron las aguas creando los océanos. Unas nubes oscuras cubrieron el cielo y entonces sobrevino la inundación…”
Sin embargo, la leyenda no termina aquí, Máximo investiga las pinturas rupestres de Hoenn:
 
“En aquellos días, casi al comienzo de la historia, la naturaleza rebosaba una energía que otorgaba a Groudon y Kyogre un poder descomunal. Pero ambos deseaban más, y lucharon entre sí una y otra vez por acapararla, poniendo en grave peligro la vida de las personas y Pokémon de Hoenn. Más adelante, la transformación que experimentaban gracias a esa energía de la naturaleza y que les otorgaba su arrolladora fuerza recibió el nombre de “Regresión Primigenia“, y la gente llamó a sus némesis Groudon Primigenio y Kyogre Primigenio…”
 
Filo del Abismo es un movimiento exclusivo de Groudon, que hace que surjan de la tierra rocas afiladas que se precipitan sobre los oponentes. Este ataque es capaz de alcanzar a múltiples oponentes a la vez.
Kyogre Primigenio, un Pokémon de tipo Agua, está inundado de una energía que se desborda de su cuerpo en forma de agua marina. Su piel azulada reluce como el zafiro y es translúcida como el mar. 
Pulso Primigenio es un movimiento exclusivo de Kyogre, que azota a los oponentes con agua concentrada en unos proyectiles esféricos. Este ataque es capaz de alcanzar a múltiples oponentes a la vez.
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